Река Лена с основными притоками, а также реки Яна, Индигирка, Колыма являются главными транспортными артериями северо-востока страны, по которым производятся массовые перевозки грузов в районы Республики Саха (Якутия), Иркутской, Магаданской областей и Арктического побережья. Основные работы, связанные с обеспечением безопасного судоходства, выполняет Ленское государственное бассейновое управление водных путей и судоходства. В настоящее время постоянное пополнение технического флота, развитие выправления в бассейне позволяет обслуживать более 16 тыс. км путей.
Для обеспечения безопасности судоходства Администрация в границах бассейна осуществляет: содержание внутренних водных путей; диспетчерское регулирование движения судов; государственный портовый контроль; государственную регистрацию судов в Государственном судовом реестре, реестре арендованных иностранных судов, реестре строящихся судов; дипломирование лиц командного состава судов и членов экипажей спортивных парусных судов; выдачу удостоверений личности моряка в установленных случаях; выдачу лоцманских удостоверений о праве лоцманской проводки судов в бассейне внутренних водных путей, а также иные функции, определенные законодательством.